除了陆战，华夏军和太平军联合起来，在长江上跟清军打了大小数百仗，后人记载这一段历史的时候说“整个长江都燃烧起来”了。
华夏军的远洋大船其实并不适合狭窄江面上的战斗，好在华夏军造船能力极为出色，很快就研制出多款利于江上作战的船型，快速奠定江河水战上的优势。
1847年九月份，发生一件震动天下的大事情，就是三元观和太平军秘密合作，派出一支大军兵临南京城下，然后将守城的清军打个措手不及，竟将这个千年古城给占领了。
三元观之前作战总是跟混元宗合作，但此次作战事前却没跟混元宗通气，事后也只是说战场上瞬息万变，看到有夺占南京的机会才断然出手，来不及跟混元宗商量好就出兵的。