随后双方围绕对马五岛的核心区域，展开长期的拉锯战，最终朝鲜军远征失利，不得已退返尾崎浦，战局陷入胶着状态。
七月二十九日，对马国守护大名宗贞盛害怕朝鲜军队久留对马岛，会影响自己在国内的统治。于是主动投降，请求停战，并声称七月时海面上将会出现风暴，朝鲜官军於是班师回朝。
双方签订癸亥条约，朝鲜给予宗氏贸易垄断，宗氏则要接受官职册封，向朝鲜进贡。在此后的日朝贸易中，朝鲜输出大米、漆器、大麻和儒家典籍，对马则出口自产和来自日本的铜、锡、硫磺和草药。
这场战役中，遭到讨伐的水贼早田左卫门大郎，就是出身儿岛氏战败的族人。《宇喜多家书》中记载过这一段时间的历史，并详细介绍西国、九州，乃至朝鲜沿海诸地的风土人情，故而宇喜多直家才会如数家珍。