又如莨菪中的莨菪生物碱是经天仙子胺的环氧化在根部的中柱稍完成后转运到地上部分而存在的。这些作为q-marker的特异化学物质与植物所用部分有关。
其次，是生物合成的器官特异性。
植物器官是由细胞组织构成的，在特定器官中的细胞组织内合成并积累特异的次生代谢物，也因其酶的差异表现出合成的物质类别和量的差异。
比如说，青蒿素在青蒿的腺毛中生成和积累。又如长春花的长春碱和长春新碱特异性地分布在叶和茎中。
还有，生物合成的发育特异性。
在植物发育过程中，通过次生代谢物合成的积累而引起细胞分化和植物器官的形成，并随之在其器官积累次生代谢物。
在此过程中，植物器官中的合成酶调控基因、蛋白水平和限制次生代谢物生成。
第四点，中药材生长过程的外在因素。
从遗传学角度看，道地药材的遗传本质在居群水平通常是量变的过程，它与种内其他非道地药材区别主要表现为居群内基因型频率的改变。
在个体水平上表现多基因控制遗传因素与环境的交互作用很重要，它影响次生代谢产物的生成。
植物的生理调节、自身保护、生存竞争、协调与环境关系等生命活动的许多方面均对次生代谢产物的合成起着重要作用。
而且，各种生态环境等外在因素，如光照、温度、土壤、水分、空气以及生物和微生物的因素均影响药用植物的次生代谢过程。”