勘定奉行-柊家家主热情接待了二人，但似乎并不想放旅行者离开，之后柊家大小姐私下联系了两人，原来她曾偷听到一位趾高气扬的女士和他父亲的对话，要将旅行者禁锢在离岛。她可以帮旅行者偷偷离开，作为回报旅行者帮她捎封表达情意的信给天领奉行二少爷。天领奉行府在稻妻主岛「鸣神岛」内的稻妻城里，负责稻妻的治安以及执行军事方面任务，由于各奉行之间政治关系复杂，柊家家主一直禁止他们联系。
在柊家大小姐帮助下，旅行者和派蒙离开离岛，抵达鸣神岛。送完信后，旅行者在稻妻城内见到了托马和神里绫华。社奉行负责稻妻的文化事宜，是与民生最贴近的一方，因此绫华反对眼狩令强行夺走民众神之眼。之后，旅行者和派蒙见到了那些因失去神之眼而失去关于愿望的记忆后浑噩度日的人，最终决定：帮助对抗“眼狩令”！
【稻妻】第二章·第二幕 无念无想，泡影断灭
一些时日后，雷电将军和天领奉行的人准备举办第一百颗神之眼的「狩眼仪式」来证明眼狩令的阶段性成果，而那第一百颗神之眼的持有者，也就是即将被公开狩眼的对象，居然是托马！为了不让社奉行与雷电将军公开为敌，旅行者拦住了凌华，自己和派蒙前往仪式举办地。
赶到现场时，正赶上雷电将军即将收走托马的神之眼，旅行者抢过神之眼与将军大人对峙，却在下一瞬进入了一个与世隔绝的空间，出现在面前的是与现实中雷电将军一样模样的雷之神。雷神一刀劈过，再回到现实世界时，旅行者已然晕倒。关键时刻，托马解开了双手束绳，带着旅行者仓皇逃出仪式，两人被全境通缉。
事到如今，社奉行也不安全，旅行者和派蒙前往边陲岛屿「海祇岛」寻找另一个反抗眼狩令的组织，不同于「三奉行」的珊瑚宫反抗军。珊瑚宫人们的祖先最早在地下城市「渊下宫」居住，信仰的神是魔神奥罗巴斯，后来奥罗巴斯带人们来到地上生活，他自己因为入侵稻妻的其它岛屿被雷神一刀斩杀，雷神没有追究民众的责任，人们在海祇岛上建了珊瑚宫，生活至今。现在，为了表达对眼狩令的抗议，他们再次举起反抗大旗。路上，旅行者正好救下了被围困的反抗军士兵哲平，跟着他来到反抗军大本营。之后在哲平带着旅行者了解营地时，稻妻幕府军队发起了进攻，哲平和旅行者一起前往前线。
战场上杀声震天，幕府军增援了正面战场，反抗军暂居下风，幸好反抗军首领珊瑚宫心海及时现身，带来了援军，北斗和万叶居然也以雇佣兵的身份参与其中。战机已失，幕府军暂时撤退。